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Roche GS FLX System是一种基于焦磷酸测序原理而建立起来的高通量基因组测序系统。在测序时,使用了一种叫做“Pico TiterPlate”(PTP)的平板,它含有160多万个由光纤组成的孔,孔中载有化学发光反应所需的各种酶和底物。

送样要求:

无参考基因组的转录组测序

1. 总RNA:针对Illumina测序平台,浓度≥80 ng/ul,总量≥12 μg;针对Roche 454 FLX+平台,浓度≥200 ng/μl,总量≥50 μg;OD260/280介于1.8-2.2之间,OD260/230值应≥2.0。电泳检测28S:18S至少大于1.5;并确保RNA无降解,无污染;或提供浓度≥50 ng/μl,总量≥1 μg的mRNA。同时,提供质量检测相关数据和图片,包括分光光度计、电泳胶图或Nanodrop仪器检测数据。一般不建议提供mRNA,较难定量。

2. 组织样品:动物、植物、微生物总量大于500 mg的新鲜样品(植物材料应尽量选取幼嫩部位)。采样后将样品立即用RNAlater和液氮速冻,保存于-80℃(保存期不超过一个月),送样时使用干冰运输(不超过72 h);提取RNA后经变性电泳,保证各RNA条带清晰、比例适中、完整性好、无降解。特别要求样品分成3份,方便后续提取,避免同一份样品反复冻融造成样品降解。

3. 细胞样品:先使用TRIzol试剂进行处理,每0.25 mL样品(5-10×106个细胞)加入0.75 mL TRIzol试剂(可参考TRIzol试剂说明书),于-80℃保存,并提供2-3份该样品。原则上不接收未经TRIzol处理的细胞样品。

4. 样品保存期间切忌反复冻融。

5. 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。


基因表达谱测序

1、总RNA:针对Illumina测序平台,浓度≥80 ng/ul,总量≥12 μg;针对Roche 454 FLX+平台,浓度≥200 ng/μl,总量≥50 μg;OD260/280介于1.8-2.2之间,OD260/230值应≥2.0。电泳检测28S:18S至少大于1.5;并确保RNA无降解,无污染;或提供浓度≥50 ng/μl,总量≥1 μg的mRNA。同时,提供质量检测相关数据和图片,包括分光光度计、电泳胶图或Nanodrop仪器检测数据。一般不建议提供mRNA,较难定量。

2.、组织样品:动物、植物、微生物总量大于500 mg的新鲜样品(植物材料应尽量选取幼嫩部位)。采样后将样品立即用RNAlater和液氮速冻,保存于-80℃(保存期不超过一个月),送样时使用干冰运输(不超过72 h);提取RNA后经变性电泳,保证各RNA条带清晰、比例适中、完整性好、无降解。特别要求样品分成3份,方便后续提取,避免同一份样品反复冻融造成样品降解。

3、细胞样品:先使用TRIzol试剂进行处理,每0.25 mL样品(5-10×106个细胞)加入0.75 mL TRIzol试剂(可参考TRIzol试剂说明书),于-80℃保存,并提供2-3份该样品。原则上不接收未经TRIzol处理的细胞样品。

4、样品保存期间切忌反复冻融。

5、送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。




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